Die Altstadt von Lebus wurde im 13. Jahrhundert planmäßig ausgebaut. Es ist anzunehmen, dass damals auch ein Pfarr- und Küsterhaus in der Schulstraße erbaut wurde.
Im 15. Jahrhundert ist eine Lateinschule, vermutlich im Bereich der Bischofsburg in Lebus erwähnt. Mit Zerstörung und Aufgabe des Bischofsschlosses und mit der üblichen Umwandlung von Lateinschulen in Stadtschulen nach der Reformation wird die Stadtschule im Küsterhaus ihr Domizil gefunden haben. 1600 ist sie zum ersten Mal dort näher erwähnt. 1780 wurde angesichts der großen Schülerzahl ein zweiter Lehrer angestellt und in den folgenden Jahren das alte Küster- und Schulhaus (Schulstraße 6) durch einen Anbau auf städtischem Grund und Boden nach Süden hin erweitert (Schulstraße 7). Daraus resultieren über alle Umbrüche der vergangenen Zeit hinweg die heutigen Besitzverhältnisse, Schulstraße 6 gehört der Kirchengemeinde, Schulstraße 7 gehört der Stadt Lebus.
Nach dem großen Stadtbrand von 1801 wurde das Haus als einheitliches Gebäude mit dem Zweck eines Schulgebäudes neu errichtet und entsprechend wurde der Grundriss angepasst.
Im Zuge der preußischen Schulreform wurde 1865 mit dem Bau einer neuen und größeren Schule westlich der Kirche (heute Schulstraße 10) begonnen.
Die alte Schule wurde auch weiterhin zu Unterrichtszwecken genutzt, im Obergeschoss wohnten der Küster, der Rektor und die verheirateten 1. und 2. Lehrer.
Nach Ende des Zweiten Weltkrieges wurde der kirchliche Teil zeitweilig für Unterrichtszwecke und im Obergeschoss als Wohnung genutzt. Von 1947 bis 2009 hatte dann der evangelische Kindergarten dort sein Domizil. Der städtische Teil des Hauses erhielt während des Krieges einen Geschosstreffer. Der Schaden ließ sich ohne großen Aufwand beheben. So war das Haus eines der wenigen, das bewohnbar blieb. Drei Jahrzehnte lang war es nun von verschiedenen Mietern bewohnt, bevor es zunehmend verfiel.
Nach der Wiedervereinigung Deutschlands konnte das Haus im Rahmen der Altstadtsanierung vor dem Abriss gerettet werden. Der städtische Teil wurde denkmalgerecht saniert und 2005 dem Heimatverein Lebus e.V. zur Betreibung als Museum und Vereinssitz übergeben. Die Stadt Lebus unterstützt die Museumsarbeit mit einem jährlichen finanziellen Zuschuss.
